Cepheid wurde im Jahr 1996 mit der Vision gegründet, ein innovatives System zu entwickeln, das einen hochkomplexen, mehrstufigen Prozess für den Nachweis und die Analyse von Nukleinsäuren, darunter DNA, in Proben wie Blut, Urin, Lebensmitteln und Betriebswasser vereinfacht. In seiner Anfangsphase legte Cepheid dabei den Schwerpunkt auf sein SmartCycler® System, das die Amplifikations- und Nachweisphasen von Nukleinsäuretests in einem einzigen Gerät integrierte. Das System wurde im Jahr 2000 eingeführt, demselben Jahr, in dem das Unternehmen an die Börse ging.
Der SmartCycler erfreute sich einer breiten Akzeptanz, während das Unternehmen mit der Entwicklung seiner nächsten Plattform, dem GeneXpert System, begann. Today, the SmartCycler is still used on the International Space Station.1