Surveillance proactive pour assurer la détection des souches grippales larges.

Virus : Toujours changeants et à la dérive

Les virus changent constamment par mutation. Deux mécanismes principaux provoquent ces changements. La dérive génétique est un changement graduel de la constitution génétique d’un virus en raison d’une série de mutations génétiques mineures^1. Dans les virus grippaux, la dérive génétique entraîne de petits changements dans les protéines de surface virales. Par contre, le changement génétique est un changement brutal et majeur de la constitution génétique d’un virus qui crée souvent une nouvelle souche. Le changement génétique crée des protéines de surface substantiellement différentes et peut donner aux virus de la grippe d’origine animale la capacité d’infecter les humains, ce qui peut causer des épidémies dans les populations humaines^1.

Les changements dans les séquences génétiques virales peuvent avoir une incidence sur le rendement des tests diagnostiques moléculaires. Si un test est conçu pour détecter une séquence virale particulière et que cette séquence change en raison d’une mutation, le test pourrait ne pas détecter le virus. La grippe, ou virus grippal, est sujette à de telles mutations.  

Pour éviter les impacts sur ses tests de dépistage de la grippe basés sur la PCR, Cepheid conçoit chaque test de manière à pouvoir détecter plusieurs gènes grippaux. Cela réduit l’impact d’une mutation dans une séquence génétique donnée, car il existe d’autres séquences uniques pour permettre la détection (c.-à-d. la redondance cible). Pour la grippe A, trois cibles génétiques sont incluses pour détecter les souches adaptées à l’humain et de nombreuses souches aviaires. De plus, deux cibles génétiques sont incluses pour la grippe B.

Surveillance proactive du rendement des tests

Cepheid surveille de près les données sur la surveillance des souches pour rester au courant de l’évolution des virus grippaux. Cepheid utilise une analyse in silico ainsi que des tests in vitro pour surveiller la couverture des souches grippales de ses tests diagnostiques. L’analyse in silico (c.-à-d., les expériences effectuées par ordinateur) interroge les bases de données des séquences disponibles pour prédire la capacité d’un test à détecter les souches grippales pertinentes en évaluant dans quelle mesure les séquences de test par PCR correspondent aux séquences cibles virales. L’analyse in silico de Cepheid utilise toutes les séquences grippales disponibles dans la base de données SIGAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) (https://gisaid.org/). En date de décembre 2023, les séquences de la grippe 18 000 humaine A et de la grippe 7 000 humaine B étaient disponibles et incluses dans l’analyse.

Des tests in vitro (expériences réalisées dans un tube à essai ou une coupelle de laboratoire) d’isolats du virus de la grippe sont également effectués, en utilisant le bilan annuel de réactivité analytique de la grippe du Food and Drug Administration Center for Biologics Evaluation and Research (FDA CBER). Le bilan CBER de la FDA contient des virus humains actuels, y compris les souches recommandées par l’Organisation mondiale de la Santé pour le vaccin annuel contre la grippe.

Pour assurer une couverture continue des souches grippales et le rendement des tests, Cepheid effectue des analyses in silico et in vitro dans le cadre de ses tests Xpert®Xpress Flu/RSV et Xpert Xpress CoV-2/Flu/RSV plus (collectivement appelés ici Xpert Xpress). Ces tests diagnostiques in vitro multiplex contiennent tous deux plusieurs cibles grippales.

Détection de la souche de la grippe aviaire A

Compte tenu des préoccupations croissantes concernant la « grippe aviaire », y compris les cas humains récents,² la couverture de la souche de la grippe aviaire, y compris la souche H5N1, est essentielle aux tests diagnostiques. En date d’août 2023, plus de séquences de sous-type de la grippe 5 000 aviaire A étaient disponibles dans GISAID et incluses dans l’analyse in silico de Cepheid. Les souches aviaires récentes préoccupantes, 2024 la H5N1 de clade 2.3.4.4b détectée à l’origine au Guangdong, H5N1/A/Cambodia/NPH230032/2023 et H3N8/A/Guangdong/ZS-2023SF005/2023 ont été incluses.

Results from the combination of in silico analysis and in vitro testing demonstrate that the Xpert Xpress influenza tests will detect a wide range of current human and avian influenza virus strains, and is predicted to detect the highly pathogenic 2024 H5N1 Guangdong clade 2.3.4.4b that has been reported in outbreaks in dairy cattle and humans in the U.S.^2-4

Préparation aux épidémies

La capacité d’un test diagnostique à détecter avec précision différentes souches d’un virus peut permettre la détection et la surveillance précoces des souches nouvelles ou émergentes, des diagnostics sûrs en vue de la prise de mesures de traitement et d’isolement, et potentiellement éclairer les stratégies de santé publique pour la préparation aux épidémies.

Le partage continu de données, y compris les contributions inestimables de la communauté scientifique qui a généré et partagé les données de séquençage de la grippe par l’intermédiaire de l’initiative GISAID, combiné à une surveillance proactive continue, positionnera les initiatives de santé publique et mondiale de manière à pouvoir détecter les souches émergentes tôt et à éviter ainsi les épidémies futures.

Communiquez avec nous pour demander le Bulletin des affaires médicales et scientifiques de Cepheid : Inclusivité de la grippe dans les tests de Cepheid – 2023 pour un compte rendu complet des méthodes et des résultats de cette analyse.

Apprenez-en davantage sur les tests de dépistage de la grippe de Cepheid ici.