Surveillance proactive pour assurer une détection étendue des souches grippales

Virus : Cassure et dérive

Les virus changent constamment par mutation. Deux mécanismes principaux provoquent ces changements. La dérive génétique est un changement progressif de la composition génétique d’un virus en raison d’une série de mutations génétiques mineures.¹ Dans les virus de la grippe, la dérive génétique entraîne de petits changements dans les protéines de surface virales. La cassure antigénique, en revanche, est un changement brutal et majeur de la composition génétique d’un virus qui crée souvent une nouvelle souche. Genetic shift creates substantially different surface proteins and can give influenza viruses of animal origin the ability to infect humans, potentially causing outbreaks in human populations.^1.

Les changements dans les séquences génétiques virales peuvent avoir un impact sur la performance des tests de diagnostic moléculaire. Si un test est conçu pour détecter une séquence virale particulière et que cette séquence change en raison d’une mutation, le test peut ne pas détecter le virus. Le virus de la grippe est sujet à de telles mutations.  

Pour éviter les impacts sur ses tests de dépistage de la grippe par PCR, Cepheid conçoit chaque test pour détecter plusieurs gènes de la grippe. Cela réduit l’impact d’une mutation dans une séquence génétique donnée, car il existe d’autres séquences uniques pour permettre la détection (c.-à-d. la redondance des cibles). Pour la grippe A, trois gènes cibles sont inclus pour détecter les souches adaptées à l’humain et de nombreuses souches aviaires. En outre, deux gènes cibles sont inclus pour la grippe B.

Surveillance proactive des performances des tests

Cepheid surveille de près les données de surveillance des souches pour rester informée de l’évolution des virus de la grippe. Cepheid utilise l’analyse in silico ainsi que le dépistage in vitro pour surveiller la couverture de la souche grippale de ses tests diagnostiques. L’analyse in silico (c.-à-d. les expériences effectuées par ordinateur) interroge les bases de données de séquences disponibles pour prédire la capacité d’un test à détecter les souches grippales pertinentes en évaluant dans quelle mesure les séquences de tests PCR correspondent aux séquences cibles virales. L’analyse in silico de Cepheid utilise toutes les séquences de virus de la grippe disponibles dans la base de données de l’initiative mondiale visant à partager toutes les données relatives à la grippe (GISAID) (https://gisaid.org/). Au mois de décembre 2023, plus de 18 000 séquences du virus humain de la grippe A et plus de 7 000 séquences du virus humain de la grippe B étaient disponibles et incluses dans les analyses.

Des tests in vitro (expériences réalisées dans un tube à essai ou un récipient de laboratoire) sur des isolats du virus de la grippe sont également effectués, à l’aide du panel annuel de réactivité analytique de la grippe du Centre d’évaluation et de recherche sur les produits biologiques de l’Agence américaine des produits alimentaires et médicamenteux (Food and Drug Administration Center for Biologics Evaluation and Research ou FDA CBER). Le panel CBER de la FDA contient les virus humains actuels, dont les souches recommandées par l’Organisation mondiale de la Santé pour le vaccin annuel contre la grippe.

Afin de garantir une couverture et des performances continues de la souche grippale, Cepheid effectue des analyses in silico et in vitro pour ses tests Xpert® Xpress Flu/RSV et Xpert Xpress CoV-2/Flu/RSV plus (collectivement désignés ici comme Xpert Xpress). Ces tests de diagnostic in vitro multiplex contiennent tous deux plusieurs cibles grippales.

Détection de la souche de la grippe aviaire A

Face aux inquiétudes croissantes concernant la grippe aviaire, y compris les récents cas humains,² la couverture des souches aviaires, notamment de la souche H5N1, est cruciale pour les tests diagnostiques. En août 2023, plus de 5 000 séquences de sous-type de grippe aviaire A étaient disponibles dans GISAID et incluses dans l’analyse in silico de Cepheid. De récentes souches aviaires préoccupantes, 2024 H5N1 Guangdong clade 2.3.4.4b, H5N1/A/Cambodia/NPH230032/2023 et H3N8/A/Guangdong/ZS-2023SF005/2023 ont été incluses.

Results from the combination of in silico analysis and in vitro testing demonstrate that the Xpert Xpress influenza tests will detect a wide range of current human and avian influenza virus strains, and is predicted to detect the highly pathogenic 2024 H5N1 Guangdong clade 2.3.4.4b that has been reported in outbreaks in dairy cattle and humans in the U.S.^2-4

Préparation aux épidémies

La capacité d’un test diagnostique à détecter avec précision différentes souches d’un virus peut permettre la détection et la surveillance précoces des souches nouvelles ou émergentes, des diagnostics fiables pour le traitement et les mesures d’isolement, et potentiellement éclairer les stratégies de santé publique pour la préparation aux épidémies.

Le partage continu des données, y compris les contributions inestimables de la communauté scientifique qui a généré et partagé les données de séquençage de la grippe via l’Initiative GISAID, combiné à une surveillance proactive continue, permettront aux initiatives de santé publique et mondiale de détecter les souches émergentes de façon précoce et d’éviter de futures épidémies.

Contactez-nous pour demander le bulletin des Affaires médicales/scientifiques de Cepheid : Inclusivité des tests Cepheid contre la grippe—2023 pour un rapport complet des méthodes et des résultats de cette analyse.

Pour en savoir plus sur les tests de dépistage de la grippe de Cepheid, cliquez ici.