Comment un test moléculaire Cepheid est fabriqué avec le Dr Fred Tenover

Bonjour, je suis le Dr Fred Tenover. Je suis [l’ancien] vice-président des affaires scientifiques chez Cepheid, une société de diagnostic moléculaire située dans la Silicon Valley en Californie. Avant de rejoindre Cepheid, j’ai travaillé pour les centres de contrôle et de prévention des maladies d’Atlanta pendant environ 20 ans, où je me suis concentré sur la résistance aux antimicrobiens et les infections associées aux soins de santé.

Lorsque je pense à la conception d’un test de diagnostic, quatre choses me viennent à l’esprit. Premièrement, le besoin. Deuxièmement, l’impact. Troisièmement, la contribution du client. Et enfin, le développement de la bonne équipe.

Si vous regardez autour de nous, il y a des centaines de virus, des milliers de bactéries qui peuvent causer des infections et plusieurs gènes impliqués dans l’oncologie. Et la question est de savoir s’ils nécessitent tous un test ? Non, ce n’est pas vraiment le cas. Nous allons donc examiner le besoin clinique non satisfait. Nous allons voir où nous avons vraiment besoin d’un nouveau test pour faire la différence, avoir un impact, et nous allons passer le test qui a le plus grand impact en termes d’aide aux médecins, aux microbiologistes, aux personnes qui luttent contre les infections pour mieux faire leur travail.

Nous sommes donc passés des besoins les plus importants à l’impact le plus important, et maintenant nous allons revenir vers le client et lui dire : « Nous avons cette idée, qu’en pensez-vous ? » Nous cherchons donc à obtenir leur adhésion, celle des personnes travaillant dans les laboratoires et celle des médecins.

Et n’oubliez pas qu’il ne s’agit pas seulement des médecins hospitaliers, car les médecins des urgences auront une idée légèrement différente de celle des chirurgiens. Ils auront une idée différente par rapport à un spécialiste des maladies infectieuses. Ils auront une idée différente de celle des personnes dont le travail consiste à contrôler la propagation infectieuse à l’hôpital.

Nous allons demander à toutes ces personnes ce qu’elles pensent, puis nous allons consulter des infirmiers, des pharmaciens et peut-être même des personnes chargées de l’assurance qualité, et nous allons rassembler toutes ces opinions. Et nous allons dire que c’est le test que nous voulons concevoir, puis nous allons rassembler l’équipe au sein de Cepheid pour faire de ce test une réalité.

Combien de temps ce processus prend-il entre le moment où nous avons notre idée et le moment où elle est réellement disponible et prête à être vendue aux gens ? Les gens pourraient être surpris si je vous dis que cela prend généralement deux à trois ans. Pourquoi ? Eh bien, ce qu’il faut retenir, c’est que ce n’est pas seulement la partie recherche et développement de l’équation.

Nous devons concevoir ce test. Nous devons nous assurer qu’il fonctionne à l’hôpital ou dans la clinique ambulatoire, ce qui signifie que nous avons besoin d’un essai clinique. Rien que cela peut prendre de quatre à six mois. Ensuite, nous devons nous assurer que nous pouvons prendre ce produit et le fabriquer. Donc, il y a tout un processus de fabrication qui entre en considération.

Lorsque nous transférons cela des équipes de recherche et développement aux équipes de fabrication, nous disons que nous allons produire cela et qu’elles disent que nous pouvons maintenant le produire. Et ensuite, nous devons le lancer. Nous devons mettre le produit à la disposition des personnes travaillant au laboratoire et, après cette période, nous avons maintenant un test précis qui fait son travail, qui fonctionne dans un laboratoire que les personnes peuvent ensuite utiliser pour poser un excellent diagnostic à un médecin qui peut ensuite agir sur ces résultats.

Nous avons donc parlé de ce processus où nous avons développé un test. Nous avons mené les essais cliniques. Nous avons montré sa précision. Nous avons transmis nos données à la Food and Drug Administration. Ils l’ont regardé, et ils ont dit que c’était génial et qu’on pouvait commercialiser ce test. Ce processus d’approbation peut à nouveau prendre plusieurs mois, donc au total, deux à trois ans.

Eh bien, nous n’avions pas deux ou trois ans pour faire un nouveau test pour SARS-CoV-2 car il y avait un tel besoin de disposer d’un test diagnostique rapidement. La Food and Drug Administration vous permet de suivre cette nouvelle voie. L’autorisation d’utilisation d’urgence qui indique que vous devez toujours faire toutes les bases. Vous devez prouver qu’il est sensible. Vous devez prouver qu’il est spécifique. Vous devez prouver qu’il fonctionne entre les mains du laboratoire, mais l’essai clinique habituel est considérablement raccourci.

Vous savez, il existe de nombreuses façons différentes d’aborder le diagnostic d’une maladie infectieuse. Nous pouvons examiner l’acide nucléique qui est la signature génétique de l’organisme particulier. Dans ce cas SARS-CoV-2, il s’agit d’un virus à ARN. Nous pouvons examiner la protéine qui entoure l’extérieur de ce virus. Ou bien, on peut aller poser des questions à la personne. Avez-vous déjà contracté une infection ?

Dans le cas de Cepheid, nous nous sommes concentrés sur la première façon : la détection de cette signature génétique dans l’ARN et le virus. Pourquoi faisons-nous cela ? Parce que c’est le plus sensible. C’est le plus spécifique. Pour ces raisons, nous considérons le test d’amplification des acides nucléiques ou PCR comme la meilleure approche pour cette maladie infectieuse particulière.

Qu’est-ce qui rend un test précis ? Qu’est-ce qui fait un bon test ? Eh bien, il y a vraiment deux choses majeures que nous examinons. C’est la sensibilité du test et cela signifie se demander si nous détectons chaque patient atteint de la maladie et de sa spécificité. C’est-à-dire que nous voulons que nos tests soient négatifs chez les personnes qui ne sont pas atteintes de cette maladie particulière et parfois c’est un défi parce que n’oubliez pas qu’il y a plus d’un coronavirus.

En fait, il existe des centaines de coronavirus. C’est l’une des causes les plus fréquentes du rhume en fait. Et puis il y en a qui sont plus pathogènes que d’autres. Le virus original du syndrome respiratoire aigu sévère et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient.

Ce sont deux coronavirus, mais celui-ci est unique. Ainsi, cette empreinte génétique qui se trouve dans ce virus nous permet d’affiner ce qui le rend unique. Donc, une fois que nous effectuons notre test, nous le testons contre une multitude de coronavirus différents et disons qu’il est positif uniquement pour SARS-CoV-2. Donc maintenant, en fin de compte, nous ne reconnaissons que le virus SARS-CoV-2 et rien d’autre. Très sensible, très spécifique. C’est la précision.

Nous avons maintenant la situation où l’équipe de recherche et développement a fait son travail. Ils ont développé ce test. Maintenant, nous devons passer à l’étape de fabrication et demander de le produire pour nous. Qu’est-ce que cela signifie réellement ? Eh bien, c’est un processus assez compliqué parce que nous avons une cartouche, un morceau de plastique très complexe. Nous devons utiliser des réactifs, des tampons et des billes. Nous devons tout assembler et y apposer une étiquette. Pour ce faire, nous avons besoin d’une équipe de personnes assez compétentes pour tout assembler.

L’une des choses que nous avons apprises très tôt sur les maladies infectieuses est qu’il ne s’agit pas d’organismes statiques. Ils s’adaptent constamment, changent constamment, afin de pouvoir infecter d’autres personnes. Nous sommes donc conscients de cela et nous essayons de garder une longueur d’avance sur les maladies infectieuses en nous assurant qu’une fois que le test est là, il reste solide. Il reste précis et fait son travail.