Innovation en période de besoin : l’héritage de Cepheid en matière de réponse aux épidémies

Une histoire de micro-organismes et d’impact macro

Parcourez l’histoire de l’innovation en réponse aux menaces de l’épidémie provenant d’agents infectieux émergents et en évolution, et souvent en avance sur celles-ci. Découvrez les innovations Cepheid qui ont été déployées pour répondre aux urgences de santé publique infectieuse depuis plus de 20 ans, et les bases posées pour se préparer aux besoins futurs.  

La première cartouche Cepheid pour la réponse aux crises : Anthrax

En septembre 2001, le monde a été bouleversé par des attaques terroristes dévastatrices, mémorisées à jamais sous le nom de « 9/ 11 ». Un mois plus tard, une autre série d’attaques a harcelé les États-Unis lorsque quatre lettres contenant des spores d’anthrax ont été envoyées par la poste, entraînant 22 maladies, 5 décès et une peur généralisée des attaques répétées.¹

En réponse à cette menace, l’USPS (United States Postal Service) a commandé le tout premier test rapide pour les risques biologiques dans le système de courrier. Cepheid s’est associée à Northrop Grumman, une multinationale de l’aérospatiale et de la défense, pour développer son premier test basé sur des cartouches afin de détecter les spores d’anthrax au début des années 2000. L’USPS utilise toujours ce test aujourd’hui dans le cadre de son système de détection des risques biologiques² installé dans toutes les usines postales du pays pour aider à protéger ses employés et ses clients contre l’anthrax. 

Réponse à la pandémie de « grippe porcine » : le premier test de dépistage de la grippe Xpert®

Au milieu des années 2000, Cepheid avait commencé à fournir des tests moléculaires aux hôpitaux et aux cliniques dans un format automatisé à base de cartouches, simplifiant ainsi les diagnostics moléculaires cliniques pour des agents pathogènes tels que le streptocoque du groupe B et le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline.

En 2009, un nouveau virus de la grippe A (H1N1) appelé initialement « grippe porcine » est apparu en Amérique du Nord et s’est rapidement propagé dans le monde entier, entraînant la première pandémie de grippe du 21e siècle.³ Ce nouveau virus contenait une combinaison unique de gènes de la grippe, jusqu’alors inconnus chez l’animal ou l’homme, créant un besoin urgent de tests diagnostiques pour identifier le virus dans les échantillons de patients.  

Suite à la déclaration d’une urgence de santé publique due à l’épidémie de H1N1, la Food & Drug Administration (FDA) a autorisé l’utilisation d’urgence de certains tests de diagnostic in vitro.⁴ Cepheid a répondu à cet appel avec une innovation rapide et a obtenu une autorisation d’utilisation d’urgence (Emergency Use Authorization, EUA)⁴ pour le Xpert test de la grippe en 2009. Bien que l’OMS ait déclaré la fin de la pandémie de grippe 2009 H1N1 en août 2010, le virus H1N1 continue de circuler en tant que virus de la grippe saisonnière, provoquant des maladies, des hospitalisations et des décès chaque année,⁵ ce qui rend les objectifs du test encore pertinents aujourd’hui.

Avec une nouvelle conception de test multiplexé, la grippe Xpert comprenait des cibles de détection pour la grippe A, la grippe B et un résultat rapportable H1N1 dédié. La première EUA de Cepheid a été importante et a posé les bases d’une autre réponse à l’épidémie 10 ans plus tard.

Tests du panel multiplexe et agilité pour gérer les variants : Grippe + VRS

Les virus de la grippe changent constamment, créant de nouvelles variantes dans leur jeu sans fin de cache-cache moléculaire. Cepheid a répondu aux variants émergents de la grippe aviaire en mettant à jour son test de dépistage de la grippe Xpert en 2012 afin d’augmenter la couverture de la souche de grippe A pour détecter le H5N1. 

Pour garder une longueur d’avance sur la mutation virale et éviter de mettre constamment à jour ses tests, Cepheid s’est tournée vers la puissance de la conception de tests multi-cibles pour créer un test respiratoire viral puissant. En 2014, des innovations de multiplexage ont été mises en œuvre pour développer l’un des premiers tests moléculaires combinés contre la grippe et le VRS sur le marché, Xpert Flu/RSV XC (couverture étendue). 

Il s’agit d’un test grippal « pandémique » avec une couverture plus large de la grippe A, la détection du variant H3N2 émergent, une détection plus fiable de la grippe B et l’ajout du VRS A et B dans une légende combinée du VRS. Le test a été lancé sur les marchés américain (FDA) et européen (CE-IVD) en 2014. En 2015, le test a obtenu le statut d’exemption CLIA de la FDA américaine, devenant ainsi le premier test PCR panel exempté CLIA, disponible pour une utilisation dans les établissements de soins. 

Réponses aux crises sanitaires mondiales en cours : Tuberculose 

La tuberculose (TB) continue d’être une épidémie mondiale et est la principale cause de mortalité due aux maladies infectieuses dans le monde, avec plus de 1:25 million de décès annuels.⁶ Cepheid soutient les tests de dépistage de la TB dans les pays à forte prévalence et dans le monde entier depuis plus de 15 ans. Xpert MTB/RIF, lancé en 2009 en collaboration avec la Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND), était un test moléculaire unique en son genre qui pouvait détecter simultanément Mycobacterium tuberculosis (la bactérie responsable de la tuberculose) et une résistance potentielle à la rifampicine, l’un des médicaments antituberculeux les plus puissants. 

Le test a été approuvé par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) en 2010. Lors d’une conférence de presse mondiale, Marion Raviglione, directrice de Stop TB, a commenté en ces termes : « Il s’agit essentiellement d’un développement que le monde attend depuis des décennies. »⁷ Selon Reuters,⁸ l’OMS a affirmé dans une déclaration qu’elle soutenait le test parce qu’il pouvait « révolutionner » les soins et le contrôle de la tuberculose en diagnostiquant avec précision les patients en 100 minutes environ, par rapport aux tests actuels qui peuvent prendre jusqu’à trois mois pour fournir des résultats.

D’autres innovations dans la lutte contre la tuberculose comprenaient le test Xpert MTB/RIF Ultra avec une conception mise à jour et des résultats plus rapides, et Xpert MTB/XDR en collaboration avec FIND pour résoudre le problème croissant de la tuberculose largement pharmacorésistante (XDR),⁹ la forme la plus grave de tuberculose. Xpert MTB/XDR a exploité une capacité de multiplexage accrue qui permet la détection de multiples mutations favorisant la résistance sur plusieurs gènes, à partir d’un seul échantillon. 

Cependant, les innovations ne se limitent pas à la conception des tests. En 2011, Cepheid a lancé son programme d’accès mondial en partenariat avec des organisations à but non lucratif clés, afin de fournir des prix spéciaux aux pays en développement à forte prévalence. Aujourd’hui, le programme atteint tous les coins du monde touchés par des maladies mortelles telles que la tuberculose, le VIH et Ebola.

Objectif visant à stopper les maladies mortelles dans leur parcours : Ebola

2024 a marqué les 10 ans de la plus grande épidémie d’Ebola de l’histoire.¹⁰ Les tests précoces ont été essentiels, car sans traitement, le taux de mortalité d’Ebola s’élève à 90 %.¹⁰ Le nombre d’infections doublant environ toutes les 3 à 4 semaines et sans vaccin sûr et efficace, l’identification des patients infectés et leur mise en quarantaine étaient essentielles pour contrôler la propagation de la maladie.¹¹ Pourtant, moins d’une personne atteinte d’Ebola sur cinq a été diagnostiquée dans les deux jours suivant son infection, voire près d’un an après l’épidémie 2014.¹¹

Le test Xpert Ebola a obtenu la liste d’éligibilité de l’EUA et de l’OMS pour l’approvisionnement des pays touchés par Ebola en 2015 et a été déployé en Afrique de l’Ouest et dans d’autres pays dans le besoin. Deux ans plus tard, lorsqu’une nouvelle épidémie d’Ebola a commencé en République démocratique du Congo, le test de Cepheid a été reconnu pour son rôle dans la lutte contre la propagation.¹² Le gouvernement de la RDC a fait du système GeneXpert sa principale méthode de dépistage d’Ebola pendant l’épidémie, permettant des résultats rapides et une réponse plus agile que ce qui était possible pendant l’épidémie précédente.¹² 

Résistance à la variabilité génétique avec une large couverture des souches : la pandémie de COVID-19

Lorsque la pandémie de COVID-19 a été déclarée en 2020, Cepheid avait l’expertise en matière de conception de tests pour répondre en un temps record. Le SARS-CoV-2 Xpert Xpress, libéré dans le cadre de l’EUA de la FDA américaine en mars 2020, a été le premier test SARS-CoV-2 PCR rapide à être utilisé en biologie délocalisée. Six mois plus tard, le test respiratoire 4-en-1 de Cepheid a reçu une EUA pour détecter le SARS-CoV-2, la grippe A, la grippe B et le VRS : des virus en co-circulation ayant des présentations cliniques qui se chevauchent, mais une prise en charge clinique différente.

Étant donné l’évolution rapide du coronavirus et l’attente que de nouveaux variants viraux surgissent au fil du temps, Cepheid a mis à jour les tests en 2021 en ajoutant une troisième cible génétique pour la détection du SARS-CoV-2. Avec trois gènes disponibles pour détecter le nouveau coronavirus, les tests de Cepheid ont résisté à la variabilité génétique qui a eu un impact sur d’autres tests,¹³ permettant aux professionnels de santé et aux patients de bénéficier de résultats SARS-CoV-2 fiables pendant la pandémie.

Contrôler une épidémie récente avec préparation : Mpox

En mai 2022, une épidémie de mpox est apparue et s’est rapidement répandue en Europe, aux Amériques et dans les six régions de l’OMS. Elle a rapidement été déclarée comme une urgence de santé publique de portée internationale,¹⁴ une déclaration formelle par l’OMS d’un événement extraordinaire qui pose un risque de santé publique à d’autres pays par la propagation internationale de la maladie et qui nécessite potentiellement une réponse internationale coordonnée.

Xpert Mpox a été le premier test en biologie délocalisée à recevoir l’EUA de la FDA américaine pour la détection de l’infection à mpox en 2023. En tant que seul test de biologie moléculaire délocalisée avec la liste d’utilisation d’urgence (Emergency Use Listing, EUL) de l’OMS, il s’agissait d’un outil précieux de préparation et de réponse qui pouvait être déployé rapidement là où des informations précises et exploitables étaient nécessaires. Xpert mpox s’est de nouveau révélée utile en 2024 lorsqu’une nouvelle urgence internationale mpox a été déclarée, nécessitant un diagnostic rapide et précis pour soutenir les communautés touchées.

Regarder vers l’avenir

Les diagnostics moléculaires doivent être agiles et accessibles pour répondre aux défis de santé publique et aux épidémies. Les développements futurs doivent se concentrer sur l’amélioration des capacités de tests rapides, l’amélioration des technologies de multiplexage et la garantie de l’adaptabilité aux pathogènes émergents et aux exigences cliniques. 

Quel que soit notre prochain appel à l’action, Cepheid est prète à répondre aux besoins des professionnels de santé, des patients et des communautés du monde entier. Nous sommes prêts à servir et à innover continuellement pour ce qui nous attend.