Innovation en période de besoin : l’héritage de Cepheid en matière de réponse aux éclosions

Une histoire de micro-organismes et de macro-impact

Lisez une histoire d’innovation en réponse, et souvent en préparation, aux menaces d’éclosion des agents infectieux émergents et en évolution. Découvrez les innovations de Cepheid qui ont été déployées pour répondre aux urgences infectieuses de santé publique depuis plus de 20 ans, et les fondations établies pour se préparer aux besoins futurs.  

La première cartouche Cepheid en réponse à une crise : l’anthrax

En septembre 2001, le monde a été ébranlé par des attaques terroristes dévastatrices commémorées à jamais comme le « 11 septembre ». Un mois plus tard, une autre série d’attaques a assiégé les États-Unis lorsque quatre lettres contenant des spores d’anthrax ont été envoyées par la poste, entraînant 22 cas de maladies, 5 décès et une peur généralisée d’une répétition des attaques¹.

En réponse à la menace, le United States Postal Service (USPS) a commandé le tout premier test rapide pour les risques biologiques dans le système postal. Cepheid s’est associé à Northrop Grumman, une multinationale spécialisée dans l’aérospatiale et la défense, pour développer son premier test à cartouche visant à détecter les spores de l’anthrax au début des années 2000. L’USPS utilise toujours le test aujourd’hui dans le cadre de son Biohazard Detection System² installé dans toutes les installations postales du pays pour aider à protéger ses employés et ses clients contre l’anthrax. 

Réponse à la pandémie de « grippe porcine » : le premier test de dépistage de la grippe Xpert® Flu

Au milieu des années 2000, Cepheid avait commencé à fournir des tests moléculaires aux hôpitaux et aux cliniques dans un format automatisé à cartouche, simplifiant les diagnostics moléculaires cliniques pour des agents pathogènes comme le streptocoque du groupe B et le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline.

En 2009, un nouveau virus de la grippe A (H1N1) appelé initialement « grippe porcine » est apparu en Amérique du Nord et s’est rapidement propagé partout dans le monde, entraînant la première pandémie de grippe du 21e siècle³. Ce nouveau virus contenait une combinaison unique de gènes grippaux, auparavant inconnus chez les animaux ou les humains, créant un besoin criant pour des tests diagnostiques permettant d’identifier le virus dans les échantillons des patients.  

Suite à la déclaration d’une urgence de santé publique en raison de l’éclosion de grippe H1N1, la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis a autorisé l’utilisation d’urgence de certains tests diagnostiques in vitro⁴. Cepheid a répondu à cet appel avec une innovation rapide et a obtenu une autorisation d’utilisation en cas d’urgence (Emergency Use Authorization, EUA)⁴ pour le test de dépistage Xpert Flu en 2009. Bien que l’OMS ait déclaré la fin de la pandémie de grippe H1N1 de 2009 en août 2010, le virus H1N1 continue de circuler en tant que virus de la grippe saisonnière, causant des maladies, des hospitalisations et des décès chaque année⁵, ce qui rend les cibles du test encore pertinentes aujourd’hui.

Avec une nouvelle conception de test multiplexé, Xpert Flu comprenait des cibles de détection pour la grippe A, la grippe B et un résultat H1N1 à rapporter dédié. La première EUA de Cepheid a été importante et a jeté les bases de la réponse à une autre éclosion 10 ans plus tard.

Le dépistage par panel multiplex et l’agilité de s’adapter aux variants : grippe + VRS

Les virus de la grippe changent constamment, créant de nouveaux variants dans un jeu sans fin de cache-cache moléculaire. Cepheid a répondu aux variants émergents de la grippe aviaire en mettant à jour son test de dépistage Xpert Flu en 2012 pour augmenter la couverture de la souche de la grippe A afin de détecter la grippe H5N1. 

Pour rester à l’avant-garde de la mutation virale et éviter de mettre constamment à jour ses tests, Cepheid s’est tourné vers la puissance de la conception multicibles pour créer un puissant test respiratoire viral. En 2014, des innovations en matière de multiplexage ont été mises en œuvre pour développer l’un des premiers tests moléculaires combinés pour la grippe et le VRS sur le marché, Xpert Flu/RSV XC (couverture étendue). 

Il a été conçu pour être un test de dépistage de la grippe « prêt pour une pandémie » avec une couverture plus large contre la grippe A, la détection du variant H3N2 émergent, une détection de la grippe B plus fiable et l’ajout du VRS A et B dans une partie combinée pour le VRS. Le test a été lancé sur les marchés américain (FDA) et européen (CE-IVD) en 2014. En 2015, le test a obtenu le statut de dispense CLIA de la FDA des États-Unis, devenant le premier panel PCR avec dispense CLIA, disponible pour une utilisation au plus proche des patients. 

Réponses aux crises de santé mondiales en cours : la tuberculose 

La tuberculose continue d’être une épidémie mondiale et est la principale cause de mortalité liée aux maladies infectieuses dans le monde entier, avec plus de 1,25 million de décès annuels⁶. Cepheid soutient les tests de dépistage de la tuberculose dans les pays où le fardeau est élevé et dans le monde entier depuis plus de 15 ans. Xpert MTB/RIF, lancé en 2009 en collaboration avec la Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND), était un test moléculaire unique en son genre qui pouvait détecter simultanément Mycobacterium tuberculosis (la bactérie qui cause la tuberculose) et une résistance potentielle à la rifampicine, l’un des médicaments antituberculeux les plus puissants. 

Le test a été approuvé par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) en 2010. Dans une conférence de presse mondiale, Mario Raviglione, directeur de Stop TB, a déclaré : « C’est essentiellement un développement que le monde attendait depuis littéralement des décennies. »⁷ Selon Reuters⁸, l’OMS a déclaré dans un énoncé qu’elle approuvait le test parce qu’il pouvait « révolutionner » les soins et le contrôle de la tuberculose en diagnostiquant avec exactitude les patients en environ 100 minutes, comparativement aux tests actuels qui peuvent prendre jusqu’à trois mois pour produire des résultats.

D’autres innovations dans la lutte contre la tuberculose comprenaient le test Xpert MTB/RIF Ultra avec une conception mise à jour et des résultats plus rapides, et Xpert MTB/XDR en collaboration avec FIND pour résoudre le problème croissant de la tuberculose largement multirésistante⁹, la forme la plus grave de la tuberculose. Xpert MTB/XDR a tiré parti d’une capacité de multiplexage accrue qui permet la détection de multiples mutations conférant une résistance à travers plusieurs gènes, à partir d’un seul échantillon. 

Les innovations ne se limitent cependant pas à la conception des essais. En 2011, Cepheid a lancé son programme Global Access en partenariat avec des organismes sans but lucratif clés, afin de fournir des prix spéciaux aux pays en développement où le fardeau pathologique est élevé. Aujourd’hui, le programme atteint tous les coins du monde touchés par des maladies mortelles comme la tuberculose, le VIH et l’Ebola.

Viser à couper l’élan des maladies mortelles : Ebola

2024 a marqué le 10e anniversaire de la plus grande épidémie d’Ebola de l’histoire¹⁰. Les tests précoces ont été cruciaux parce que, sans traitement, le taux de mortalité de l’Ebola atteint jusqu’à 90 %¹⁰. Avec un nombre d’infections doublant pratiquement toutes les 3 à 4 semaines et sans vaccin sûr et efficace, l’identification des patients infectés et leur mise en quarantaine étaient essentielles pour contrôler la propagation de la maladie¹¹. Pourtant, moins d’une personne sur cinq atteinte d’Ebola a été diagnostiquée dans les deux jours suivant son infection, même près d’un an après l’épidémie de 2014¹¹.

Le test Xpert Ebola a obtenu une EUA et l’approbation de l’OMS pour l’approvisionnement dans les pays touchés par le virus Ebola en 2015 et a été déployé en Afrique de l’Ouest et dans d’autres pays dans le besoin. Deux ans plus tard, lorsqu’une nouvelle éclosion d’Ebola a commencé en République démocratique du Congo, le test de Cepheid a été reconnu pour son rôle dans le confinement de la propagation¹². Le gouvernement de la RDC a fait du système GeneXpert sa principale méthode de test pour le virus Ebola pendant l’éclosion, permettant des résultats rapides et une réponse plus agile que ce qui était possible pendant l’épidémie précédente¹².

Résister à la variabilité génétique avec une large couverture contre les souches : la pandémie de COVID-19

Lorsque la pandémie de COVID-19 a été déclarée en 2020, Cepheid avait l’expertise en conception de tests pour répondre en un temps record. Xpert Xpress SARS CoV-2, autorisé en vertu de l’EUA de la FDA des États-Unis en mars 2020, a été le premier test PCR SARS-CoV-2 rapide à être utilisé au plus proche des patients. Six mois plus tard, le test respiratoire 4-en-1 de Cepheid a reçu son EUA pour détecter le SARS-CoV-2, la grippe A, la grippe B et le VRS : des virus en co-circulation dont les présentations cliniques se chevauchent, mais dont la prise en charge clinique est différente.

Compte tenu de l’évolution rapide du coronavirus et de la réalisation que de nouveaux variants viraux verront le jour au fil du temps, Cepheid a mis à jour les tests en 2021 en ajoutant une troisième cible génétique pour la détection du SARS-CoV-2. Avec trois gènes disponibles pour détecter le nouveau coronavirus, les tests de Cepheid ont résisté à la variabilité génétique qui a eu un impact sur d’autres tests¹³, permettant aux fournisseurs de soins de santé et aux patients de bénéficier de résultats SARS-CoV-2 fiables pendant la pandémie.

Contrôler une éclosion récente avec de la préparation : le mpox

En mai 2022, une éclosion de mpox est apparue et s’est rapidement répandue en Europe, dans les Amériques et dans les six régions de l’OMS. Une urgence de santé publique de préoccupation internationale¹⁴ a rapidement été déclarée, une déclaration officielle par l’OMS d’un événement extraordinaire qui pose un risque pour la santé publique d’autres pays par la propagation internationale de la maladie et qui nécessite potentiellement une réponse internationale coordonnée.

Xpert Mpox a été le premier test au plus proche des patients à recevoir une EUA de la FDA des États-Unis pour la détection de l’infection par le mpox en 2023. En tant que seul test moléculaire au plus proche des patients sur la liste d’utilisation d’urgence de l’OMS (EUL), il s’agissait d’un outil précieux de préparation et d’intervention qui pouvait être déployé rapidement là où des renseignements exacts et exploitables étaient nécessaires. Xpert Mpox s’est de nouveau avéré utile en 2024 lorsqu’une nouvelle urgence internationale de mpox a été déclarée, nécessitant un diagnostic rapide et exact pour soutenir les communautés touchées.

Se tourner vers l’avenir

Les diagnostics moléculaires doivent être agiles et accessibles pour répondre aux défis de santé publique et aux éclosions de maladies. Les développements futurs doivent se concentrer sur l’amélioration des capacités de tests rapides, l’amélioration des technologies de multiplexage et l’assurance de l’adaptabilité aux agents pathogènes émergents et aux exigences cliniques. 

Quel que soit notre prochain appel à l’action, Cepheid est prête à répondre aux besoins des fournisseurs de soins de santé, des patients et des communautés du monde entier. Nous sommes prêts à servir et à continuellement innover pour ce qui nous attend.